O Museu Histórico Regional foi criado em 1977 por decreto da Prefeitura Municipal de Passo Fundo, com o nome de Museu Histórico-Cultural.  Vinculado à Secretaria Municipal de Educação e Cultura. Localizado no prédio da antiga Intendência Municipal, na Avenida Brasil nº 758.

        O MHR tem por objetivo a guarda e difusão da memória e do acervo e histórico-cultural do município e da região. O acervo é exposto à comunidade através de temáticas que compõem mostras temporárias e/ itinerantes, centradas na história local e regional.

         O MHR funcionou durante o período de 1977 a 1990. Permanecendo aproximadamente cinco anos desativado, reiniciando suas atividades em 1996, ocasião em que foi firmado um convênio entre a Prefeitura Municipal de Passo Fundo e a Fundação Universidade de Passo Fundo. Desde então, o Museu assumiu a sua designação atual, Museu Histórico Regional (MHR), permanecendo instalado no mesmo prédio, Antiga Intendência Municipal, também, ocupado pelo Museu de Artes Visuais Ruth Schneider.

         O MHR conta com uma equipe de professor, museóloga, auxiliares de museu e estagiários do curso de História da UPF. Além da guarda e divulgação da memória e do patrimônio histórico depositado em seu acervo a equipe desenvolve atividades de ação pedagógica e educação patrimonial junto a diferentes setores da sociedade, de maneira especial, para as escolas da rede municipal, estadual e particular de ensino nos seus diversos níveis.

         O museu foi dirigido de 1996 a junho de 2002 pela artista plástica e professora de Artes e Comunicação da UPF Roseli Pretto, de julho de 2002 a julho de 2010 pela professora da Faculdade de Artes e Comunicação Maria Cezária de Britto Ramos e atualmente é dirigido pela museóloga Tania Aimi.